L'altre dia va sorprendre'm trobar en un fil d'un fòrum de Racó Català un usuari que pretenia difondre idees creacionistes. Fins ara, d'apologetes d'aquesta mena al nostre país per la xarxa només m'havia trobat amb blavers.

A través de Nodalpoint descobreixo unes presentacions de l'EMBL sobre l'ús de les eines de l'anomenada Web 2.0 en la recerca científica.

Fa temps que tinc pendent fer una utilitat bioinformàtica en Perl tot utilitzant la interfície de l'excel·lent projecte Bioperl, i idealment que s'hi integri com un mètode o mòdul més.

Fa uns dies Vilaweb es feia ressò d'alguns dels blocs científics més valorats segons la revista Nature.
Realment els blocs són un mitjà que desgraciadament s'aprofita poc en la difusió i discussió de ciència, i crec realment que aquesta és una mancança forta en el nostre país, llevat de comptades excepcions...

Durant els actes del congrés de modelització MODREF 2006, vaig tenir l'ocasió de poder visitar les instal·lacions del MareNostrum, al Barcelona Supercomputing Center.

Ara que fa un temps que tinc un MacBook Pro, he estat mirant diferent programari (preferentment lliure, igual o equivalent al que ja utilitzo a Linux) per a treballar en les meues tasques bioinformàtiques.

En Dídac publica un resum d'un curiós i interessant estudi sobre l'origen dels cabells rossos basat en una hipòtesi de selecció sexual a les poblacions europees durant una darrera glaciació.

Com ja he deixat entreveure en altres missatges, els wikis són una eina excel·lent per a l'intercanvi i difusió de coneixement, com també com a plataforma de treball. En la intersecció de les ciències de la vida i la informàtica, ja vaig comentar anteriorment l'existència de wikis com ara l'Evowiki o el Fluwiki (sobre la grip aviària).

Cercant informació sobre evolució natural a la xarxa m'he trobat amb dos recursos interessats per a tots aquells que puguin estar interessats en el tema. Un d'ells és Alec's Evolution Pages, on es recullen enllaços, articles i assajos amb evidència científica a favor de la teoria de l'evolució, apart de refutacions dels arguments creacionistes.

Descobreixo a la llista de Debian en català que s'acaba d'enviar un bug per a incloure el teclat català a aquesta distribució de GNU/Linux.

Si heu treballat amb molècules de forma visual, segurament ja coneixeu el RasMol. Doncs bé, per a algunes aplicacions web que he estat elaborant, m'he vist amb la necessitat de tenir algun programa de semblants característiques que pugui servir per a que l'usuari es pugui fer a la idea del model que es representa. Fins fa un temps només coneixia el MDLChime, el qual és desgraciadament privatiu i no té massa respecte per a altres sistemes que els típic de Windows, fet que obligava a l'usuari a utilitzar productes com el CodeWeavers si treballava, per exemple, a GNU/Linux.
Per sort, fa un temps que he descobert el Jmol, que si bé és Java i això pot no a agradar a alguns :), és lliure i té l'avantatge de disposar d'una opció de miniaplicació (applet) que pot fàcilment inserir-se en una pàgina web.
Gràcies a una biblioteca JavaScript i utilitzant el llenguatge de seqüències del programa, molt semblant al d'altres aplicacions d'aquestes característiques, es poden obtenir resultats prou interessants.
Fins i tot per a les necessitats del Web 2.0, també té la possibilitat d'integrar-se en programari wiki com ara MediaWiki, el de les Viquipèdies.

A continuació penjo un exemple senzill amb una proteïna.

Dedicat als companys de laboratori, faig una referència a una entrada de la Viquipèdia sobre la transformada schwartziana, que no ha de confondre's amb una schwarziana.
Aquesta és una tècnica de programació, que personalment utilitzo a Perl, i permet fàcilment fer ordenacions que serien molt més feixugues computacionalment si es fessin d'una forma «més clàssica». Pot semblar una mica amenaçador el nom, però val la pena mirar-s'ho. Per a posar-la en pràctica, cal tenir presents també uns principis de referències amb Perl.